Trešais, „taisnais” kalifs bija cēlies no Mekas Omeijādu dzimtas un visai aktīvi virzīja savus radus augstos amatos. Tas izsauca citu Muhameda kompanjonu neapmierinātību, jo viens no islāma pamatprincipiem bija tieši atteikšanās no radniecīgām cilšu saitēm par labu „ticības brālībai”. Paši aktīvākie Osmana pretinieki grupējās ap pravieša znotu Ali. Viņa piekritējus nosauca par šiītiem (no arābu vārda „šia”- piekritēju grupa, sekta). 656. gadā šiīti ielauzās Osmana Medīnas pilī un nogalināja viņu, pēc tam, pasludinot par kalifu Ali. Ietekmīgie bojā gājušā valdnieka radinieki apvienojās ap Sīrijas emīru Muaviju, kurš atsacījās pakļauties jaunajam kalifam. Ali nespēja izrādīt pienācīgu pretsparu Omeijādiem, šiīti sašķēlās - pret cerības neattaisnojušo vadītāju sacēlās grupējums, kas pazīstams ar nosaukumu haridžīti („izgājušie” jeb „sadumpojušies”). 661. gadā Ali krita no haridžīta kinžala, pēc tam varu kalifātā sagrāba Muavija, kurš kļuva par Omeijādu dinastijas radītāju.
Tā izveidojās divi galvenie novirzieni islāmā, vēlāk šķelšanās politiskajam iemeslam pakāpeniski virsū uzslāņojās arī teoloģiskas pretrunas.
Apmēram 90% no visiem mūsdienu musulmaņiem sludina sunnismu. Faktiski tas ir ortodoksālais islāms, kas balstās uz Korānu un Sunnu – hadisu (teiksmu) krājumu par Pravieša darbiem. Sunnīti atzīst Pravieša līdzgaitnieku svētumu, pieņemot visas hadisas Sunnā, godina visus pirmos četrus „taisnā ceļa” kalifus. Varas ziņā sunnīti pakļaujas „visas kopienas” viedoklim, bet īstenībā – tās reliģiski-politiskajai virsotnei.
Otrais, lielākais novirziens islāmā ir šiītisms. Šiīti, tāpat kā sunnīti uzskata Korānu par svētu Taču Sunnu svētums tiek atzīts tikai daļēji – šiīti godā tikai tās hadisas, kas rakstītas pēc Muhameda radinieku vārdiem. Omeijādu dinastiju šiīti uzskata par nelikumīgu, bet par vienīgo „taisno” kalifu atdzīst Ali. Viņš un viņa pēcteči (alidi) tiek saukti par divpadsmit imamiem („lūgšanu un sabiedrības vadītājiem”), „dievišķās” gribas izteicējiem. Pēdējam imamam (Mahdi) būtu jāatnāk tika Pastardienā. Pagaidām viņa vietnieku lomu pilda taisnīgie cilvēki, „merdžee taklid” (izturēšanās piemērs), visviedākie no viņiem tiek saukti par ajatollām.
Pats radikālākais islāma novirziens ilgu laiku bija haridžīti, kas aizstāvēja varas kopienas raksturu un kopienas galvas (imama – kalifa) vēlēšanas. Pēc ideoloģijas haridžīti stipri atšķiras no sunnītiem un šiītiem. Tā par kalifu viņiem var kļūt jebkurš ticīgais, neatkarīgi no izcelšanās, sociālā statusa un etniskās piederības. Kalifu uzskata par galveno administratoru un militāro vadītāju, viņam netiek piešķirta nekāda sakrāla nozīme. Vēl vairāk, ja kalifs netiek galā ar saviem pienākumiem, kopiena var viņu atbrīvot no pienākumiem vai pat nogalināt. Reliģiskā ziņā haridžīti uzstājas kā nesamierināmi islāma tīrības sargi un stingri rituālu ievērotāji. Tieši haridžīti kļuva par islāma fundamentālisma idejiskajiem priekštečiem.
„Islāma fundamentālisms” ir nosacīts jēdziens, ko izmanto Rietumos, lai apzīmētu musulmaņu kustības, kuru ideoloģija balstās uz reliģiozu, sociālu un politisku agrīnā islāma pieredzi. Musulmaņi-sunnīti dēvē tādu ideoloģiju par salafizmu, no izteiciena „as-salaf” (senči), šiīti izmanto terminu usulizms – no „usul ad-din” (saknes, pamats).
Fundamentālisti pasludina par grēcīgu katru jaunievedumu, kas nav fiksēts Korānā un Sunnā. Sev viņi uzskata par „izredzēto” grupu, kam ir patiesības monopols, bet visu pārējo pasauli (ieskaitot citus musulmaņus) pēc viņu domām uzskatot par pagrimušu un grēcīgu. Pirmoreiz šī ideja parādījās haridžītiem – viņi varēja apvainot neticībā citus musulmaņus, kuri pēc viņu domām dzīvoja „grēkā”.
Par haridžītu idejiskiem pēctečiem kļuva islāma puritāņu kustība, kas pazīstama ar nosaukumu vahabīti. Kustība radās XVIII gadsimtā ar arābu garīdznieka Abdallas al-Vahaba pūlēm, kurš uzstājās par islāma attīrīšanu no visiem tam svešiem uzslāņojumiem. Sākumā Al-Vahabs bija tikai disidents, kuram nebija plaša piekrišana, taču viņa idejas ieinteresēja Arābijas emīru Ibn Saudu, pēc tam vahabītu kustība kļuva masveidīga. Satriekuši zem džihada karogiem vairākas Arābijas pilsētas, vahabīti nodibināja savu emirātu. Tā vadītāja pēcteči valda Sauda Arābijā vēl joprojām.
Par vēl vienu fundamentālisma priekšteci uzskata šiītu XIX gadsimta reformatoru, panislāmisma ideologu Džamaludinu al-Afgani, kurš uzskatīja, ka islāms no reliģiskas ticības pakāpeniski transformējas politiskā ideoloģijā, lai apvienotu visas pasaules musulmaņus pret Rietumiem.
XX gadsimtā islāma radikāļu politizācija turpinājās, viņi arvien vairāk izmantoja reliģiskos lozungus, lai sasniegtu laicīgus mērķus. Spēcīgu grūdienu panislāmismam deva koloniālās sistēmas sabrukums un tas, ka Austrumos nodibinājās daudzas neatkarīgas valstis. Aizejot kolonizatori visai brīvi novilka robežas, sadalot vienas tautas un apvienojot citas. Turklāt koloniālisma laiks spēcīgi sagrāva reģiona ekonomiku, kas nevarēja nesaniknot vietējos iedzīvotājus.
Par pēdējo pilienu kļuva Palestīnā radītā ebreju valsts Izraēla. Arābu valstis vairākas reizes centās iznīcināt izraēliešus, taču nemitīgi cieta sakāvi. Tad diezgan plašu popularitāti ieguva ideja, ka Izraēlas iznīcināšanai un sekmīgai cīņai pret Rietumiem musulmaņiem ir jāatgriežas pie islāma fundamentālisma.
Kādu laiku islāmistiem neizdevās sagrābt varu. Taču 1979. gadā Irānā notika islāma revolūcija. Pie varas nākusī šiītu garīdzniecība, ko vadīja ajatolla Homeini, pasludināja revolūcijas galamērķi – Vispasaules „islāma valsts” radīšanu. Tomēr pēc Homeini nāves Irānas vara no šīs idejas attiecās – vismaz, publiski.